Un año después de los acontecimientos en el Santuario, Subaru Natsuki entrena duro para afrontar mejor los desafíos futuros. Los días pacíficos llegan a su fin cuando Emilia recibe una invitación a una reunión en la ciudad Watergate de Priestella de nada menos que Anastasia Hoshin, una de sus rivales en la selección real. Considerando la importancia de la reunión y los peligros potenciales que Emilia podría enfrentar, Subaru y sus amigos la acompañan.
Sin embargo, a medida que Subaru se reconecta con viejos socios y compañeros en Priestella, surgen nuevos enemigos formidables. Impulsado por motivaciones fanáticas y empleando métodos despiadados para lograr sus ambiciones, el nuevo enemigo apunta a Emilia y amenaza la existencia misma de la ciudad. Reuniendo a sus aliados, Subaru debe darlo todo una vez más para evitar que sus nefastos objetivos se conviertan en una realidad concreta.