Aún amenazada por los 'Titanes' que les roban su libertad, la humanidad permanece enjaulada dentro de los dos muros restantes. Continúan los esfuerzos para erradicar estos monstruos; sin embargo, las amenazas surgen no sólo de los Titanes más allá de los muros, sino también de los humanos dentro de ellos.

Después de ser rescatado de los Titanes Colosales y Acorazados, Eren Yaeger se dedica a mejorar su forma de Titán. Krista Lenz lucha por aceptar la pérdida de su amiga, el Capitán Levi elige a Eren y sus amigos para formar su nuevo escuadrón personal y el Comandante Erwin Smith se recupera de sus heridas. Todo parece ir bien para los soldados, hasta que de repente el gobierno exige la custodia de Eren y Krista. Los recientes éxitos del Survey Corps han llamado la atención y una cara familiar del pasado de Levi es enviada a recoger a los soldados buscados. Buscados por el gobierno, Levi y su nuevo escuadrón deben evadir a sus adversarios con la esperanza de mantener a salvo a Eren y Krista.

Eren y sus compañeros soldados no sólo luchan por su supervivencia contra los aterradores Titanes, sino también contra el terror de un enemigo mucho más intrigante: sus compañeros humanos.