Jougorou Kobato tiene la costumbre de meterse en los problemas de los demás. Después de darse cuenta de que sus habilidades de detective no son deseadas ni apreciadas, llega a un acuerdo con su tímido amigo Yuki Osanai para volvernos comunes y corrientes juntos. Ahora que ingresan a la escuela secundaria, su objetivo es ser percibidos como personas normales, pero Kobato no puede evitar volver a caer en sus métodos deductivos cuando se enfrenta a los misterios cotidianos.

Desafortunadamente, los sucesos mundanos no son todo lo que el dúo encuentra. Mientras pasan sus días escolares tratando de evitar llamar la atención, Kobato y Osanai a veces se ven atrapados en incidentes que ponen en riesgo su plan de una vida pacífica y normal.