Una misteriosa forma de vida conocida como Savage está atacando la Tierra, y solo hay un arma que puede contrarrestarla: los Hundred. Para convertirse en un Slayer, un maestro de artes militares capaz de manejar a un Hundred, Kisaragi Hayato se inscribe en el barco de la academia marina Little Garden. Sin embargo, Hayato siente una extraña pero familiar sensación de incongruencia hacia Emile Crossford, su compañero de cuarto que de alguna manera lo conoce de alguna parte. Además de eso, tan pronto como ingresa a la escuela, es desafiado a un duelo por la Reina, la Slayer más poderosa de la escuela, Claire Harvey.